已有大量证据表明基因表达调控过程经常伴随着细胞核染色质结构的动态变化，这可能是基因表达调控的一个更高级的层面。以转录工厂模型为例，该模型最早在1993年提出，基于电镜和免疫荧光的数据发现大量RNA Pol-II集合的位点，多个基因被招募到这些转录工厂共转录。然而到目前为止这个模型还存在很大争议，最主要原因是研究手段的限制。之前数据主要依赖于电镜和荧光显微镜，电镜虽然分辨率高，但没有动态信息；荧光显微镜则没有足够的分辨率。实现对转录工厂RNA Pol II cluster的动态定量观测对其机理的研究有重要意义。