2016年1月14日，饶毅教授获颁《第一财经》“年度思想家奖”。该奖项今年首次创立，主要颁发给在思想、精神以及理念层面对商业产生重大影响的商业或非商业人士。国务院参事陈全生为饶毅教授颁发该奖项。饶毅教授回顾了自己的科研经历，同时表示由他参与创办的《知识分子》媒体平台将继续致力于介绍科学前沿、评价科学人物、建设科学文化、弘扬科学精神。

此外，饶毅教授还参与创办了非官方、非营利、民间发起的科学奖项——未来科学大奖。该奖项专注于推动突破性科学研究，表彰优秀科学家，发挥民间的力量，作为国家引领和推动科学发展的一个有力的补充。该奖项设立生命科学大奖和物质科学大奖，奖金各为100万美元，以捐赠款项授予前一年在这些领域对人类作出重大贡献的华裔科学家。该奖项将于2017年首度颁发。