截至2009年11月30日，生物膜与膜生物工程国家重点实验室2009年共发表SCI论文94篇，其中影响因子大于20的有4篇（1篇Cell，1篇Science，2篇Nature），影响因子大于10的有8篇，影响因子大于5的有34篇（占发表SCI论文总数的34%），此外2009年膜室还获得授权发明专利9项。
   北京学分子医学研究所程和平教授研究组研究论文“Calcium flickers steer cell migration”在Nature（Vol.457，901-905）在线发表，论文报道了钙信号调控细胞迁移运动的新发现和新观点。
   清华大学生命科学学院施一公教授研究组在Science（Vol. 324, 1565-1568）上发表结构生物学研究成果“Structure and Mechanism of an Amino Acid Antiporter”，对分析耐酸系统中的反向转运体的功能机制具有重要的意义。
   清华大学生命科学学院施一公教授、医学院颜宁教授领导的研究组合作解析了甲酸（formate）通道FocA的高分辨率结构，研究结果发表于Nature（Vol.462，467-472），对于研究膜蛋白的进化提供了进一步的线索。
   清华大学生命科学学院陈晔光教授在Cell（Vol.139, 658-660）发表文章“Finale: The Last Minutes of Smads”。
   2009年，生物膜与膜生物工程国家重点实验室还有多项研究成果分别发表在Blood，Hepatology，Developmental Cell，Genome Research，PNAS等国际有重要影响力的学术期刊，取得了丰硕成果。